Bercerita setelah hancurnya Mechagodzilla, Metphies mengungkapkan kekagumannya pada manusia, dan Bilusaludo yang tersisa ingin Haruo diadili. Di Bumi, ada kepercayaan keagamaan dibawah Metphies, yang mengatakan bahwa "keajaiban" menyelamatkan mereka dari Nanometal. Haruo diberitahu oleh seorang ilmuwan kalau Yuko mati otak, dan jantungnya masih berfungsi karena Nanometal. Mereka juga takut mengungkapkan kebenaran karena Metphies. Metphies berpikir Haruo takut Nanometal akan menggantikan Godzilla sebagai bahaya. Haruo menghadapi Metphies, yang mengungkapkan kalau dia ingin membawa dewa Exif. Haruo dibawa ke daerah terpencil dan menjadi bagian dari mereka. Metphies dan para pengikutnya ingin memunculkan dewa "Ghidorah" untuk menghadapi Godzilla.